المسجد الأقصى يعود اسمه إلى قول الله تعالى في القرآن الكريم: "سبحان الذي أسرى بعبده ليلاً من المسجد الحرام إلى المسجد الأقصى الذي باركنا حوله لنريه من آياتنا". هنا، يُشير "الأقصى" بالعربية إلى "الأبعد" أو "الأكثر بعداً".
والسبب في ذلك يعود إلى الموقع الجغرافي للمسجد الأقصى بالنسبة للبيت الحرام في مكة، حيث يقع المسجد الأقصى في القدس وهو أبعد مسجد تم بناؤه بعد الكعبة المشرفة. ولذلك، يُطلق عليه اسم "المسجد الأقصى"، أي الأبعد بالنسبة للبيت الحرام.
وفي التفسير الروحي، المسجد الأقصى هو أيضًا المكان الأقصى الذي وصل إليه النبي محمد صلى الله عليه وسلم في رحلة الإسراء والمعراج، وهي رحلة روحية خاصة جعلت المسجد الأقصى مكانًا مقدسًا في الإسلام.